Roskilde Doctoral Schools (RDS) udgør den overordnede ramme for ph.d.-uddannelsen på RUC. Den enkelte ph.d.-uddannelse foregår i regi af en af RUC's 18 forskeruddannelsesprogrammer. Forskeruddannelsesprogrammerne udgør de faglige miljøer for ph.d.-uddannelsen. Som ph.d.-studerende kan man i princippet derfor være tilknyttet flere forskeruddannelsesprogrammer, men man er organisatorisk knyttet til et institut gennem den ph.d.-skole, hvor man er indskrevet. Nedenfor er en oversigt over de seks eksisterende ph.d.-skoler ved RUC og forskeruddannelsesprogrammerne som er knyttet til skolerne.

Ph.d.-skolen for Kommunikation, Virksomhed og Informationsteknologier (Institut: CBIT)

• Kommunikation, Journalistik og Performance-design
• Design and Management of Information Technology
• Erhverv og virksomhed

Ph.d.-skolen for Kultur, Sprog og Filosofi (Institut: CUID)

• Videnskabsstudier og Straf & Etik
• Interkulturelle Studier
• Sprogvidenskabelige Studier
• Europæiske Kulturstudier 

Ph.d.-skolen for Livslang Læring og Hverdagslivets Socialpsykologi (Institut: PAES)

• Forskerkolen i Livslang Læring
• Hverdagslivets Socialpyskologi

Ph.d.-skolen for Miljø og Samfundsvidenskab (Institut: ENSPAC)

• Graduate School of Environmental Stress Studies
• Society, Space and Technology

Den naturvidenskabelige ph.d.-skole (Institut: NSM)

• Didactics of mathematics, chemistry and physics with connections to history and philosophy of science
• Mitochondrieforskning
• Basic and Clinical Microbiology (BCM)
• Soft and biomolecular matter
• Mathematical modelling and its mathematical prerequisites

Ph.d.-skolen for Samfund og Globalisering (Institut: ISG)

• International Development Studies
• Styring, Velfærd og Medborgerskab