Forskerskolens drift varetages på forskellige niveauer. I det daglige varetager sekretariatet administration af og information om Forskerskolen i Livslang Læring. Sekretariatet fungerer så at sige som de studerendes og undervisernes 'brugerflade'.

Styregruppen, der er sammensat af 2 studerende og 2 lærere holder møde hver måned og træffer beslutninger af såvel administrativ som faglig art.

Lærergruppen lægger den overordnede faglige linie for Forskerskolen bl.a. under inddragelse af forskeruddannelsespolitiske vilkår.

Forskerskolen mødes én gang om året med en international følgegruppe, Advisory Board, for at diskutere den faglige, pædagogiske og organisatoriske udvikling af Forskerskolen.