CUID-sekretariatet består af institutsekretariat, bachelor- og kandidatsekretariat.

Institutsekretariatet er råds- og udvalgssekretariat og varetager herudover ferie- og fraværsregistrering, løn, rejseafregning, indkøb, regnskab, økonomi, allokering, første behandling af eksamensklager, projektstyring, ph.d.-administration og IT-support.

Kandidatsekretariatet varetager opgaver for studienævnene herunder semesterplanlægning, vejlederfordeling og behandling af ansøgninger om merit, dispensation og direkte optag, planlægning og afvikling af mundtlige og skriftlige eksamener, modtager projekter og opgaver og administrerer specialer for alle CUIDs overbygningsfag.

Bachelorsekretariaterne varetager studienævns- og studieadministrative opgaver for den humanistiske bacheloruddannelse og den humanistiske internationale bacheloruddannelse.